ภาษามอแกลนเป็นภาษาในตระกูลออสโตรนีเซียน แต่ปัจจุบันยังขาดองค์ความรู้เกี่ยวประวัติความเป็นมาของภาษามอแกลน ทำให้ประวัติศาสตร์ของชุมชนมอแกลนยังไม่ชัดเจน คณะนักวิจัยจึงกำลังศึกษาประวัติภาษามอแกลนทั้งในประเด็นถิ่นฐานเดิม เส้นทางการเคลื่อนย้ายมายังบริเวณชายฝั่งจังหวัดภูเก็ตและพังงา รวมทั้งศึกษาความสัมพันธ์ที่มีกับภาษาอื่นๆ ทั้งทั้งในยุคปัจจุบันและก่อนที่จะเริ่มมีการจดบันทึกเกี่ยวกับกลุ่มชาติพันธุ์มอแกลน เช่น ภาษาไทยถิ่นใต้ ภาษาไทยถิ่นใต้ ภาษามลายู ภาษาในตระกูลออสโตรเอเชียติก เป็นต้น